Основными направлениями деятельности ГБУЗ «ЦМП ДЗМ» являются:
- организационно-методическая работа по вопросам специфической иммунопрофилактики взрослого и детского населения города Москвы с оказанием консультативной помощи медицинским организациям государственной системы здравоохранения города Москвы и москвичам;
- планирование профилактических прививок и формирование заявок на иммунобиологические лекарственные препараты (ИБЛП) в соответствии с Национальным и Региональным календарями профилактических прививок;
- обеспечение и контроль за бесперебойным снабжением ИБЛП медицинских организаций государственной системы здравоохранения города Москвы, хранением и использованием ИБЛП;
- информационно-статистический мониторинг «актуальных» управляемых инфекций.

В составе ГБУЗ "ЦМП ДЗМ" функционирует клиническое подразделение. Работа подразделения направлена на обеспечение вакцинации детей, имеющих отклонения в состоянии здоровья. Прием ведут опытные педиатры и узкие специалисты.